Dépendant de la CEA pour des raisons administratives et de gestion, les GCP (groupes commandos parachutistes) prennent leur ordre directement du BOI (bureau opération instruction) donc de l'état-major du régiment. En ce qui concerne l'entraînement air, c'est l'état-major de la brigade qui gère directement les séances de saut. Pour des raisons opérationnelles, les GCP du REP peuvent également être regroupés avec leurs collègues des autres régiments parachutistes de la brigade pour une mission particulière, comme ce fut le cas lors de la prise du fort d'Al Salman parla division Daguet en Irak.   Ces soldats d'élite sont en majorité des cadres, recrutés parmi les sous-officiers et les caporaux du régiment ayant donc au moins quatre années de service. Après des tests physiques éprouvants, ils reçoivent une formation intensive dans tous les domaines relevant du combat à haut niveau. La formation tactique se fait au régiment mais de nombreuses épreuves de sélection et des tests de perfectionnement se font dans différents centres d'instruction. Un GCP doit par exemple être breveté par le CNEC de Mont-Louis comme moniteur commando de 2e niveau. La formation de chuteur opérationnel est donnée à l'école des troupes aéroportées de Pau. Ils peuvent également intervenir dans des cas de récupération d'otages et de ce fait participent quelquefois à des entraînements communs avec le GIGN.

      Leur mission principale au sein du régiment reste l'aide à l'engagement de l'unité ou l'aide à la mise à terre (ce qui peut se traduire par un "saisir et tenir" sur plate-forme aéroportuaire), ou bien une mission de reconnaissance derrière les lignes adverses, ou encore la mission classique du "Pathfinder" (balisage d'une zone de saut). Parmi les autres missions figurent la recherche humaine, comme celle de criminel de guerre, la collecte du renseignement ou l'extraction de ressortissants.

Les GCP peuvent aussi intervenir sur des actions spéciales comme en Yougoslavie en 1995 où, au côté des forces spéciales américaines, les GCP du REP ont neutralisé un  centre d'entraînement de commando islamiste. Pour remplir ses diverses missions, le GCP comprend vingt-sept à trente hommes répartis en six cellules. Deux équipes opérationnelles de dix hommes sont prêtes à partir en mission, vingt-quatre heures sur vingt-quatre. Les différentes cellules sont: commandement, santé, transmissions, technique opérationnelle, tir-mine-explosif et renseignement photo.La cellule technique opérationnelle, outre son travail de planification, est également un laboratoire d'essais.