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Le 6 juin dans, le cadre de ce décret, une partie de l'armée régulière attaque la résidence de Sassou Nguesso, un "Mbochis", ancien Président et chef de la milice des "Cobras". L' opération échoue et met le feu aux poudres. Une partie de l'armée passe à Sassou N'Guesso, tandis que Lissouba fait venir des renforts pour épauler ses milices "Zoulous". Brazzaville est rapidement coupée en trois parties, celle au sud étant contrôlée par une autre milice, les "Ninjas". On se bat a l'arme lourde pour le contrôle du centre-ville.
Les autorités congolaises sont complètement dépassées par les événements et un grand nombre de miliciens et de soldats ivres ou "chanvres" échappent totalement au contrôle de leurs chefs. Dans ce contexte plusieurs Européens sont molestés, aussi le REP multiplie-t-il les évacuations des ressortissants. Dans la nuit du 7 Juin la 3ème section de la 1ère Compagnie est violement prise a partie par des "zoulous" non loin de la Présidence. Une roquette de R.PG 7 blesse grièvement trois Légionnaires.
Le capitaine Trotignon, commandant de Cie réussit a calmer le jeu, mais les Congolais ouvrent a nouveau le feu sur des éléments de la C.E.A et sur l'ambulance venue chercher les blessés? Le radio d'une équipe des Groupes Commandos Parachutistes du REP est tué d'une balle en plein cœur. Cette fois les parachutistes ripostent : un véhicule "Mamba" est touché par une grande a fusil et quinze "Zoulous" dont un officier supérieur sont tués. Les Congolais décrochent immédiatement et le REP ne sera plus jamais pris a partie. Ces évènements vont décider Paris a intervenir : ce sera l'opération "Pélican 2".
Des renforts du 2ème Régiment Etranger d'Infanterie, et du 1er Régiment Etranger de Cavalerie sécuriseront l'aéroport tandis que le REP est des éléments du COS se chargeront des opérations d'évacuation. À partir de Orstom, un centre de recherche botanique où le colonel Puga a installé son PC, la 1ère compagnie, la CEA et le COS vont participer à la recherche, à la protection, voir au sauvetage des étrangers présents dans Brazzaville. Sur informations fournies par l'ambassade ou de simples particuliers, les légionnaires parachutistes forment de petits convois, en général composés de deux VAB et d'un VBL, pour partir à la recherche des personnes signalées.
Ces missions sont extrêmement dangereuses car même si les véhicules français ne sont plus directement visés depuis "l'affaire" du 7 juin, les combats continuent et les Congolais, qui ont la détente facile, tirent à tout bout de champ sur des cibles réelles ou supposées. Preuve que l'Afrique a bien changée, ces tirs plus seulement avec des armes declasées mais avec des types BM-21, ZSU 23/4 et toute la panoplie des mortiers russes. Souvent, l'armée régulière ouvre le feu sur les opposants, juste avant le passage des Français, afin d'attirer sur eux les tirs de riposte.
L'opération se termine le dimanche 15 Juin a 18 heures et les forces françaises auront réussi à évacuer 5 900 ressortissants étrangers. Le REP est la dernière unité a quittter le pays. Quelques heures avant d'évacuer une salve de quatre coups de mortiers ; crible d'éclats le paquetage du lieutenant-colonel Morin, chef d'état-major.